El 1 de julio de 1520, Hernán Cortés y sus hombres fueron derrotados por los mexicas. Aquella noche conocida como la noche triste (noche triste para los españoles y para los mexicas, tlaxcaltecas, totonacos, cholultecas y texcocanos. No hubo victoria).
El 13 de agosto de 1521 Tenochtitlan cayó y poco después Hernán Cortés mandó construir una ermita (pequeña capilla) para recordar a todos los castellanos caídos en combate aquella Noche triste. Pues en el sitio que hoy ocupa la iglesia (antes una ermita) se encontraba uno de los puntos de control que protegían la entrada a la ciudad y fue ahí donde los españoles fueron descubiertos por los mexicas en la llamada “noche triste”.
Se dice que Hernán Cortés huyó desde ahí hasta el ahuehuete ubicado en Popotla, punto en el cual derramó unas lágrimas por su derrota. En 1599, ahí mismo, comenzó la construcción de este templo, al cual llegaban cada año cientos de indígenas cristianizados.
A lo largo del virreinato, el 13 de agosto se conmemoraba como fiesta nacional con el nombre de “El paseo del pendón”, el cual consistía en celebraciones religiosas, bailes, fuegos artificiales, corridas de toros y principalmente, un desfile encabezado por el pendón real (estandarte con la heráldica castellana), los miembros del cabildo, la real audiencia y las más altas autoridades de Nueva España, desde el palacio del virrey hasta la ermita que mandó construir Cortés, que con los años se convirtió en una majestuosa iglesia… hoy conocida como la de San Hipólito, un soldado del siglo II que fue canonizado por su servicio a prisioneros cristianos; y San Casiano, un tutor que se negó a adoptar nuevas figuras religiosas tras la llegada de los romanos a su localidad.
Unos años más tarde, en 1559, se aumentó el tamaño del templo, pues se le anexó un edificio en el cual se recibían enfermos de pocos recursos y ancianos con demencia. El bautizado como Hospital de San Hipólito, por Bernardino Álvarez, fue el primero en su tipo en América.
El fraile fundó la congregación Hermanos de la Caridad San Hipólito en el lugar, la cual fue reconocida por el Papa Inocencio XII en 1700, pues aquel año le otorgó el título de Orden Religiosa Hospitalaria.
Unos años después, en 1740, fue construida la actual edificación del templo, se le agregaron las dos torres, que cuentan con una asimetría de 45 grados con respecto al edificio y la fachada recibió recubrimientos del estilo árabe Mudéjar.
El inmueble ha sido utilizado para diversos fines a lo largo de su historia, pues en 1843, durante el mandato de Antonio López de Santa Anna, el sitio se convirtió en un cuartel militar, poco después, en 1847, se fundó ahí mismo el Hospital Militar de Instrucción.
En 1856 entró en vigor la Ley de Desamortización de los Bienes Eclesiásticos, por lo que el templo fue ocupado por inquilinos hasta 1859, cuando pasó a ser propiedad del Estado.
Fue hasta 1921 que el edificio fue restaurado, pues se le agregaron diversos acabados y adornos en piedras traídas del extranjero, una década más tarde fue declarado Monumento Nacional y para la década de los 50’s la figura de San Judas Tadeo en su cúpula se reparó, al mismo tiempo que el santo crecía en popularidad.
Hoy en día llegan a esa iglesia miles de peregrinos cada 28 de octubre a celebrar a San Judas Tadeo a la iglesia de San Hipólito en el actual paseo de la Reforma y avenida Hidalgo.
Después de la independencia y cuando la memoria colectiva había olvidado el origen de este templo (conmemorar a los castellanos caídos en la llamada noche triste y celebrar la conquista de Tenochtitlan), la iglesia católica supo acomodar su agenda santoral colocando una gran estatuilla de San Judas Tadeo y estableciendo los días 28 de cada mes y en particular, por supuesto, el vigésimo octavo día del mes de octubre, como día de gracias a este santo de la iglesia cristiana católica.